הפעולה של מכונות הדפסת קרטון מתחילה בדרך כלל בהכנת מלאי הקרטון הגולמי. לאחר חיתוך למפרטים הנדרשים, הקרטון הגלי נכנס למכונה באמצעות מערכת הזנה, שם הוא עובר מיקום ויישור ראשוני על מנת להבטיח יציבות ודיוק במהלך השינוע. כדי להבטיח תוצאות הדפסה אופטימליות לאחר מכן, משטח הקרטון חייב להישאר נקי ושטוח; במידת הצורך, מופעל תהליך פשוט של-טיפול כדי למזער את ההשפעה של אבק או זיהומים על איכות ההדפסה.
עם הכניסה לשלב ההדפסה, הדיו מועבר באופן אחיד ממערכת אספקת הדיו אל לוחות ההדפסה, ולאחר מכן מועבר אל משטח הקרטון. בהתאם לדרישות המוצר, ניתן לבצע הדפסה אחת-צבעונית או מרובת-צבע; הדפסה מרובת-צבע מחייבת הדפסת יתר ברצף של כל יחידת צבע-תהליך הדורש רמה גבוהה של דיוק רישום. לאורך תהליך זה, יש לשלוט בקפידה על פרמטרים קריטיים כגון צמיגות הדיו, לחץ ההדפסה ומהירות הפעולה, שכן גורמים אלו משפיעים ישירות על בהירות הגרפיקה ועל חיוניות הצבעים.
לאחר השלמת ההדפסה, הקרטון עובר בדרך כלל בשלבי -עיבוד שלאחר-כגון חריצים, חיתוך-מחור וקמטים-כדי ליצור את המסגרת המבנית הבסיסית של הקרטון. לאחר מכן הוא עובר לשלבי הקיפול והחיבור (בין אם באמצעות הדבקה או הידוק), ובסופו של דבר מקבל צורה כמוצר קרטון מוגמר ושמיש. לאורך כל זרימת העבודה הזו, השלבים השונים משולבים באופן הדוק, ומציבים דרישות קפדניות הן ליציבות הציוד והן לפרוטוקולים התפעוליים כדי להבטיח את האיכות העקבית של המוצר המוגמר.
